Proces ten rozpoczął się jeszcze przed powołaniem diecezji łódzkiej, a pierwszym pozyskanym obiektem była garnizonowa cerkiew pod wezwaniem św. Aleksego w Łodzi. W 1919 r. oddano kościół dla potrzeb duszpasterstwa wojskowego, nadając mu tytuł św. Jerzego.

Przejęcie kolejnych świątyń związane było z osobą ks. Edwarda Marksa. Duchowny, będąc wikariuszem parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Łodzi, sympatyzował z rodzącym się wówczas Starokatolickim Kościołem Mariawitów. W celu odizolowania duchownego od lokalnego środowiska mariawitów podjęto decyzję o przeniesieniu go do parafii w Górze św. Małgorzaty niedaleko Łęczycy. Ten zabieg nie okazał się skuteczny i ostatecznie ks. Edward Marks został suspendowany.

W 1906 r. kapłan zaczął tworzyć zręby nowego wyznania, budując w Łodzi trzy świątynie: św. Franciszka z Asyżu przy ul. Franciszkańskiej, Matki Boskiej Nieustającej Pomocy przy ul. Nawrot oraz Przenajświętszego Sakramentu przy ul. Podleśnej (obecnie ul. Marii Skłodowskiej-Curie). Z powodu braku osobowości prawnej Kościoła mariawickiego właścicielem dwóch ostatnich nieruchomości został ks. Edward Marks.

Jednak w 1913 r. duchowny powrócił na łono Kościoła rzymskokatolickiego. Po erygowaniu diecezji łódzkiej ks. Edward Marks pozostał w jurysdykcji archidiecezji warszawskiej. Nie mogąc zatem sprawować opieki nad wspomnianymi świątyniami, na mocy aktu notarialnego z 1926 r. zapisał obiekty przy ul. Nawrot i ul. Podleśnej Kurii Biskupiej w Łodzi, zmieniając ich wezwania na: Świętych Apostołów Piotra i Pawła oraz Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny.

Wydarzenie to wstrząsnęło mariawitami, którzy uznali aneksję świątyń za bezprawne. Sprawa trafiła do sądu. Spór zakończył się w 1929 r. Na mocy wyroku ks. Edward Marks, jako właściciel rzeczonych nieruchomości, miał prawo swobodnie nimi dysponować. Obiekt przy ul. Podleśnej przekazano ojcom jezuitom, zaś przy świątyni Świętych Apostołów Piotra i Pawła 6 kwietnia 1930 r. erygowano samodzielną parafię.

Konflikt rozgorzał na nowo w 1945 r., gdyż podczas wojny Niemcy ponownie oddali kościół Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny mariawitom. Nobilitowani tym faktem uznali obiekt za swą własność i nie chcieli go oddać prawnym właścicielom. Starania o odzyskanie świątyni powzięli jezuici, których poparł Tymczasowy Zarząd Państwowy, a Urząd Mieszkaniowy w Łodzi otrzymał nakaz usunięcia mariawitów.

Na tym spór się nie zakończył. Biskup mariawicki Roman Próchniewski odwołał się od tej decyzji do Departamentu Wyznaniowego Ministerstwa Administracji Publicznej. Prowadzone śledztwo zakończyło się ponownie na korzyść ojców jezuitów.

Obecnie świątynia Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny jest kościołem rektoralnym Duszpasterstwa Środowisk Twórczych leżącym na obszarze parafii Matki Boskiej Zwycięskiej.