W diecezji toruńskiej główne obchody Święta Miłosierdzia Bożego co roku odbywają się w Diecezjalnym Sanktuarium Miłosierdzia Bożego na toruńskich Koniuchach. Skarbem tej świątyni oprócz krzyża Drzewa Życia, które było głównym elementem papieskiego ołtarza w Toruniu, jest obraz Jezusa Miłosiernego pobłogosławiony przez Jana Pawła II. Obraz peregrynował po parafiach diecezji.
W Święto Miłosierdzia Bożego 30 marca podczas wszystkich Mszy św. w tym kościele homilie o Miłosierdziu Bożym głosił wicerektor toruńskiego Wyższego Seminarium Duchownego ks. dr Marcin Staniszewski. O godz. 15, w Godzinie Miłosierdzia, odbyła się uroczysta Suma, której przewodniczył bp Józef Szamocki. Mszę św. koncelebrowało kilkudziesięciu kapłanów z diecezji. Licznie zgromadzonych wiernych przywitał kustosz sanktuarium ks. prał. Stanisław Majewski. Obecni byli m.in. posłanka na Sejm Anna Sobecka i prezydent Torunia Michał Zaleski. Ks. prał. Majewski podkreślił, że w tym kościele i tej parafii nie tylko prosi się o miłosierdzie Boże, lecz także parafianie starają się realizować wyobraźnię miłosierdzia. Przykładem jest ostatnia inicjatywa, jaką jest Dom Opieki Samarytanin. Ksiądz Prałat zwrócił się z wdzięcznością do wszystkich, którzy wspierają tę inicjatywę.
Bp Józef Szamocki przybył na uroczystość bezpośrednio z warszawskiego lotniska. Powrócił bowiem z Ziemi Świętej, gdzie uczestniczył w spotkaniu biskupów oraz ludzi świeckich z Europy zatroskanych o przyszłość naszego kontynentu. W homilii nie zabrakło akcentów nawiązujących do Święta Miłosierdzia i zakończonej pielgrzymki. Kaznodzieja podkreślił, że potężne tsunami, będące wielką falą zła i nienawiści, zmiotło z chrześcijańskiej Europy poczucie Boga i sacrum. Świat stał się liberalny w poglądach na życie. Kraje, z których w ciągu wieków wyjeżdżało najwięcej misjonarzy, dzisiaj borykają się z problemami braku powołań i opustoszałych kościołów. Jest jednak potężna siła dobra, która zaczyna zataczać coraz większe kręgi. Dzieje się to m.in. dzięki takim ludziom, jak Jan Paweł II czy Matka Teresa z Kalkuty. Zło nigdy nie jest w stanie pokonać dobra.
Jednym z głównych akcentów Święta Miłosierdzia jest publiczna cześć obrazu Jezusa Miłosiernego. Po zakończonej Mszy św. obraz niesiono w uroczystej procesji tak, aby każdy mógł spojrzeć na niego z bliska. Następnie wierni odśpiewali Koronkę. Każdego roku szczególnym momentem jest pobłogosławienie obrazów Jezusa Miłosiernego. Dzisiaj pewnie już nie ma domu i mieszkania, w którym brakowałoby takiego obrazu. Ostatnim akcentem uroczystości było ucałowanie relikwii św. s. Faustyny Kowalskiej. Wierni podchodzili do Księdza Biskupa, aby ucałować relikwiarz.
Święto Miłosierdzia Bożego ma być nie tylko dniem szczególnej czci Boga w tej tajemnicy, lecz także łaski dla wszystkich ludzi, zwłaszcza grzeszników. Tego dnia w Diecezjalnym Sanktuarium Miłosierdzia Bożego rzesze wiernych przystąpiły do Źródła Życia.

Wszyscy, którzy pragną nie tylko w tym dniu uczcić Miłosierdzie Boże i prosić o nie, mogą to uczynić codziennie. Kustosz sanktuarium zaprasza do korzystania ze Zdroju Miłosierdzia - w każdy piątek o godz. 15 odprawiana jest Godzina Miłosierdzia Bożego.