Seminarium znów zaczęło żyć właściwym sobie rytmem. Bo oto właśnie 29 września, po trzech miesiącach wakacji, wypełnionych wypoczynkiem, ale i różnego rodzaju praktykami, alumni powrócili do Seminarium na kolejny rok formacji. Dla 26 alumnów jest to pierwszy rok odkrywania i rozwijania powołania. Po pomyślnie zdanych egzaminach wstępnych i przebytej sesji propedeutycznej, prowadzonej przez ojców duchownych - ks. Wojciecha Rzeszowskiego oraz ks. Tomasza Trzaskawkę w Bydgoszczy na Piaskach, młodzi kandydaci do kapłaństwa wstąpili w mury naszego Seminarium. Również 29 września klerycy pierwszego roku udali się wraz z rektorem ks. Wojciechem Polakiem do Poznania na Uniwersytet Adama Mickiewicza, gdzie rektor - prof. dr hab. Stefan Jurga zainaugurował nowy rok akademicki.

Cała wspólnota seminaryjna inaugurację nowego roku akademickiego przeżywała 6 października. Uroczystość rozpoczęła się Eucharystią, której przewodniczył bp Bogdan Wojtuś. Homilię dla studentów wygłosił ojciec duchowny Wyższego Seminarium Duchownego - ks. Wojciech Rzeszowski. Po zakończeniu Mszy św. wszyscy udali się do Seminarium, gdzie po odśpiewaniu Gaude Mater Ksiądz Rektor przywitał przybyłych gości. Wśród nich byli prorektorzy bydgoskich uczelni i rektorzy bratnich Seminariów. Na uroczystość przybył także przedstawiciel władz miasta Gniezna. Po przywitaniu ks. Paweł Podeszwa przedstawił sprawozdanie z działalnosci Seminarium za rok 2000/2001. Natomiast ks. Grzegorz Iwiński zdał relację z działalności Instytutu Teologicznego w Gnieźnie, a ks. Wojciech Szukalski z działalności Instytutu Teologicznego w Bydgoszczy. Następnie alumni pierwszego roku złożyli ślubowanie. Ks. Waldemar Szczerbiński wygłosił wykład inauguracyjny. Głos zabrał również Przedstawiciel władz miasta Gniezna, a także Przedstawicielka Stowarzyszenia Powołań Kapłańskich Archidiecezji Gnieźnieńskiej.

Następnego dnia Kościół gnieźnieński czcił Ośmiu Męczenników naszej diecezji z czasu ostatniej wojny. W tym właśnie dniu w Seminarium Ksiądz Rektor poświęcił oratorium Ośmiu Męczenników. Alumni złożyli w oratorium symboliczną wiązankę z ośmiu róż. Dziś jest to miejsce modlitwy całej wspólnoty.