Jako przewodniczący Rady Naukowej Konferencji Episkopatu Polski obowiązki gospodarza pełnił biskup płocki prof. dr hab. Stanisław Wielgus. W słowie wprowadzającym powiedział on m.in.: „We wspólnocie wiernych to właśnie teologowie powołani są w sposób szczególny do rozpoznawania znaków czasu, przez które ingeruje w dzieje świata Duch Święty. Oni także - odpowiednio wykształceni i żyjący głęboką wiarą - powołani są do tego, by służyć Kościołowi coraz to bardziej pogłębionym, poszerzonym i uwzględniającym najnowsze osiągnięcia nauki komentarzem do Objawienia. Ich rolą jest również formułowanie opinii dla urzędu nauczycielskiego Kościoła, dotyczących duszpasterskich wskazań dla życia indywidualnego i społecznego.
Poczynając od Soboru Watykańskiego II, coraz częściej w nauczaniu kościelnym pojawia się pojęcie tzw. „wyzwań współczesności”, przez które rozumie się różnej natury procesy i konkretne zdarzenia, stanowiące punkty zwrotne w historii i zmuszające do przemyślenia na nowo dotychczas przekazywanej nauki teologicznej. Współczesny teolog powołany jest do tego, by kierując się zawsze duchem miłości ewangelicznej i zachowując wierność urzędowi nauczycielskiemu Kościoła, zajął jednoznaczne stanowisko wobec potrzeb współczesnego wiernego, który staje dziś wobec nowych wyzwań i zagrożeń. Powołany jest do tego, aby - mówiąc metaforycznie - wskazał i oświetlił współczesnemu człowiekowi właściwą drogę prowadzącą do Chrystusa - jedynego Zbawiciela świata. Powołany jest także do tego, aby we właściwym dla kultury, świadomości i wrażliwości współczesnego człowieka języku przekazywał mu naukę objawioną” - mówił Ksiądz Biskup.
Na ręce Biskupa Stanisława swoje słowo do uczestników Kongresu skierował Ojciec Święty Jan Paweł II (pełny tekst Listu zamieszczamy na str. I). Pierwszy dzień Kongresu przebiegał pod hasłem Chrześcijaństwo wobec wyzwań współczesnych. Programowy wykład, zatytułowany Chrześcijaństwo europejskie wobec współczesnych wyzwań wygłosił abp prof. dr hab. Bruno Forte z Neapolu, po czym na temat Teologia polska wobec wyzwań współczesności mówił o. prof. Andrzej Napiórkowski. Popołudnie przeznaczone było na pracę w grupach dyskusyjnych. Wieczornej Eucharystii przewodniczył bp Stanisław Wielgus, homilię zaś wygłosił nuncjusz apostolski abp Józef Kowalczyk. Dzień zakończyła promocja polskich wydawnictw abp. Bruno Forte i spotkanie z autorem.
Drugi dzień kongresu skoncentrowany był na temacie Teologia a kultura. Rozpoczęła go koncelebrowana Msza św. w obrządku greckokatolickim, której przewodniczył i homilię wygłosił bp Volodymyr Viytyshyn z eparchii kołomyjsko-czerniowieckiej Ukraińskiego Kościoła Greckokatolickiego. W ramach sesji przedpołudniowej wykład zatytułowany Chrystologia a antropologia wygłosił ks. prof. Jean Galot, emerytowany profesor Louvain w Belgii i Gregorianum w Rzymie, po czym o narodzie jako fenomenie kulturowym w ujęciu teologicznym mówił ks. prof. Czesław Bartnik, zaś na temat Teologia polska między Zachodem a Wschodem - ks. prof. Lucjan Balter. Popołudnie przeznaczone było na spotkania sekcyjne. Dzień zakończył koncert muzyki religijnej w Auli im. Stefana Kardynała Wyszyńskiego.
Trzeci dzień obrad poświęcony był teologicznej antropologii społecznej. Eucharystii w kościele akademickim przewodniczył i homilię wygłosił abp Józef Michalik, przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski. W ramach przedpołudniowej sesji wykład Dialog teologii z kulturą wygłosił bp prof. Gerhard Ludwig Müller, biskup Regensburga, profesor Uniwersytetu w Monachium, na temat Antropologia chrześcijańska wobec sekularyzacji życia mówił bp Kazimierz Ryczan, a wykład zatytułowany Nie można zrozumieć człowieka bez Chrystusa wygłosił kard. Stanisław Nagy. Popołudnie przeznaczone było na pracę w grupach dyskusyjnych oraz uroczystość nadania doktoratów honoris causa abp. Bruno Fortemu, ks. Jaeanowi Galot oraz bp. Gerhardowi Ludwigowi Müllerowi.
Ostatni dzień kongresu koncentrował się wokół tematu Kościół w sytuacji społeczno-politycznej. Mszy św. w archikatedrze lubelskiej przewodniczył i homilię wygłosił abp Józef Życiński, metropolita lubelski, wielki kanclerz KUL-u. W ramach spotkania dziekanów europejskich Wydziałów Teologicznych na Zamku Lubelskim wykład zatytułowany Teologia akademicka w Polsce na progu XXI w. wygłosił ks. prof. dr hab. Czesław Rychlicki, na temat Teologia w organizacji badań naukowych z perspektywy rządu mówił prof. Jerzy Błażejowski, przewodniczący Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego, zaś o teologii w pracach Centralnej Komisji do Spraw Stopni i Tytułów - prof. Janusz Tazbir. Równolegle odbywały się wykłady plenarne w auli KUL-u. Referat zatytułowany Relacja Kościół-społeczność polityczna w świetle Soboru Watykańskiego II wygłosił ks. prof. Raúl Berzosa Martínez, po czym na temat Kościół wobec kwestii społecznej mówił ks. prof. Jan Wal, zaś o prawie publicznym Kościoła w Polsce i w Europie - ks. prof. Józef Krukowski.
4-dniowe obrady zakończyło odczytanie w Auli im. Stefana Kardynała Wyszyńskiego przesłania Kongresu oraz przesłania dziekanów Wydziałów Teologicznych Europy. „Dla teologii nie jest obojętne, w jakim miejscu i czasie jest uprawiana - napisali w przesłaniu uczestnicy Kongresu. - Polska od zawsze znajdowała się na styku dwóch nurtów chrześcijańskiej: tradycji wschodniej i zachodniej. Wiemy, że są one dla nas wielkim bogactwem, ponieważ różnorodność dziedzictwa może nam pomóc w głębszym poznaniu obecności i działania Boga w świecie. Po wieloletnim zniewoleniu otworzyła się przed nami przestrzeń wolności. Dzisiaj nasz kraj na nowo staje się miejscem spotkania kultur i narodów Europy. To spotkanie mogą również współtworzyć polscy teologowie. Cieszy, że jest nas wielu: nie tylko duchownych, ale również świeckich, jak również że w ostatnich latach pojawiły się nowe, liczne wydziały teologiczne.
Wspólnocie Kościoła, w której żyjemy, chcemy służyć w dojrzałym przeżywaniu wiary, by była ona bardziej przemyślana i kontemplacyjna. Jesteśmy również otwarci na dialog z tymi, którzy z różnych powodów nie utożsamiają się z Kościołem. Ich pytania, rozterki, a nawet głosy sprzeciwu, nie są jedynie wołaniem o solidarne współodczuwanie, ale pomagają nam również w odczytywaniu na nowo tajemnic naszej wiary” - napisali w przesłaniu teologowie.