Do wspomnianych wcześniej bolesnych faktów w życiu i działalności sokalskiego sanktuarium, należy jeszcze dodać przesunięcie granicy politycznej w 1809 r. i zaostrzenie kontroli granicznej, utrudniające docieranie pielgrzymów z Wołynia, Podlasia i Lubelszczyzny. Spowodowało to zmniejszenie liczby kapłanów obsługujących sanktuarium, przestała istnieć kapela klasztorna, ucichły hejnały z wieży kościelnej, nieodnawiane mury klasztorne zaczęły się walić. Mimo wszystko w czasie odpustów sanktuarium się ożywiało i pozostawało nadal ważnym ośrodkiem religijnym. Tradycyjne pieśni o Matce Bożej Sokalskiej były nadal w użyciu, pojawiały się też nowe, a Pieśń dziada sokalskiego, napisana przez Franciszka Karpińskiego, stała się znana we wszystkich zaborach.
Tragicznym wydarzeniem, które definitywnie zamknęło dawny świetlany okres sanktuarium, był pożar kościoła i klasztoru w nocy 25 maja 1843 r. Pożar zniszczył całkowicie urządzenie kościoła, tak że praktycznie nic nie pozostało z dawnego wystroju. Spalił się ołtarz, w którym umieszczony był cudowny obraz Matki Bożej Sokalskiej i reszta kosztowności, które zostały po rekwizycjach. Łaskami słynący wizerunek Pani Sokalskiej został tak poważnie zniszczony, że trzeba go było malować niemal od nowa. Spłonął dach na kościele i klasztorze i znaczna część pomieszczeń klasztornych. Spłonęło ok. 160 dużych obrazów o treści religijnej i historycznej, zdobiących korytarze klasztorne. Ocalała tylko zakrystia z cennym zbiorem zabytkowych ornatów, archiwum i biblioteka.
Po pożarze skromne nabożeństwa odprawiały się na korytarzu przykościelnym. Dopiero 8 września 1848 r. poświęcono odrestaurowany przez lwowskiego malarza Maszkowskiego obraz Matki Bożej Sokalskiej i dokonano konsekracji częściowo odremontowanego kościoła. Na uroczystość przybyło kilka tysięcy pielgrzymów, ale była ona nieporównanie skromniejsza od dawnych uroczystości, bo były to czasy rozbiorów i niewoli narodowej. Żywa jednak była pamięć o dawnej sławie tego miejsca.
Powoli usuwano skutki pożaru. Kościół otrzymał nowe ołtarze, organy, polichromię, odremontowano i urządzono klasztor. Sanktuarium sokalskie na powrót odzyskiwało rangę miejsca znanego, odwiedzanego i uczącego miłości do zniewolonej ojczyzny. W czasie powstania styczniowego w 1863 r. klasztor sokalski wsławił się jako punkt przerzutów ludzi i broni oraz jako miejsce, w którym był szpital dla rannych powstańców.
Kolejnym ciosem dla sanktuarium był pożar 28 maja 1870 r., który dotkliwie zniszczył dopiero odbudowany kościół i klasztor. Obraz Matki Bożej, ukrywany w zakrystii, ocalał. Zaangażowana postawa prowincji zakonnej Ojców Bernardynów, ofiarność dobrodziejów oraz pracowitość i poświęcenie miejscowych duszpasterzy, doprowadziły do szybkiej odbudowy kościoła i klasztoru. Sanktuarium sokalskie zapisało się również troskliwą opieką, udzielaną duchownym unickim z Królestwa, którzy po zniesieniu unii w 1875 r. szukali schronienia w Galicji. Klasztor sokalski, leżący blisko granicy, był punktem oparcia dla nich i dla ich rodzin, nieraz przez długi czas.