Źródeł postawy ks. Stanisława Małkowskiego trzeba szukać w rodzinnym domu. Urodził się w 1944 r. w Woli Korytnickiej; ojciec Zdzisław był fizykiem, matka Krystyna z Malskich – etnografem. Po obu stronach rodziny miał ludzi mocno zapisanych w polskiej nauce i historii. Dziadek po mieczu – prof. Stanisław Małkowski był wybitnym geologiem, profesorem Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie i jednym z twórców warszawskiego Muzeum Ziemi. Jeszcze mocniej na wyobraźnię działa życiorys drugiego dziadka – Władysława Malskiego – legionisty, piłsudczyka, oficera Wojska Polskiego, posła i senatora, kawalera Orderu Virtuti Militari. W 1939 r., po wkroczeniu Armii Czerwonej, na ziemiach lidzkich kpt. Malski zaangażował się w tworzenie konspiracji, za co został aresztowany przez NKWD i najprawdopodobniej zamordowany w 1941 r. Miejsca jego pochówku do dziś nie znamy. Gdy wiele lat później, jako szef Urzędu do Spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych, wręczałem ks. Stanisławowi Małkowskiemu Medal „Pro Bono Poloniae”, powiedział mi, jak ważne jest dla niego rodzinne dziedzictwo, a zwłaszcza pamięć o Władysławie Malskim. Czuł się spadkobiercą tamtej niepodległościowej tradycji. Trudno nie pomyśleć o tym, kiedy czyta się meldunki bezpieki, która odnotowywała, że „ks. Małkowski znowu mówił publicznie o Katyniu”. W jego przypadku historia rodzinna i historia Polski nie biegły osobnymi torami.