Przez wiele powojennych lat była tworzona razem z funkcjonowaniem kościoła św. Jana Chrzciciela, który był jedynym w przedwojennym Szczecinie kościołem katolickim. Ówczesna sytuacja polityczna sprawiła, że szczególnie w centrum Szczecina władze zabraniały tworzenia nowych parafii. Z tego faktu wynikała konsekwencja funkcjonowania pojęcia: „Parafia św. Jana Chrzciciela przy kościele Najświętszego Serca Pana Jezusa”.

Rozdzielenie tych kościołów nastąpiło 5 marca 1974 r., gdy już w nowej rzeczywistości powstałej dwa lata wcześniej diecezji, oficjalnie dekretem bp. Jerzego Stroby erygowano parafię Najświętszego Serca Pana Jezusa. Początki polskiego duszpasterstwa w tym kościele sięgają już 1945 r., kiedy to do Szczecina wraz z grupą pionierów przybył ks. Florian Berlik chrystusowiec – protoplasta katolickości i polskości. On to odprawił pierwszą Mszę św. 6 maja 1945 r. w kaplicy plebanii przy ul. Bogurodzicy. Dodajmy, że 12 czerwca 1945 r. przybył do Szczecina kolejny chrystusowiec ks. Kazimierz Świetliński, pierwszy proboszcz parafii św. Jana Chrzciciela, który 29 czerwca tego samego roku dokonał poświęcenia i dedykowania kościoła Najświętszemu Sercu Pana Jezusa.

Uroczystości jubileuszowe odbyły się 9 marca br. pod przewodnictwem bp. Henryka Wejmana. Obecny był również przełożony generalny ks. Krzysztof Olejnik chrystusowiec, a także poprzedni proboszczowie, wikariusze jak również kapłani wywodzący się tej parafii oraz z dekanatu Szczecin-Śródmieście. Reprezentowane także były Siostry Misjonarki Chrystusa Króla. W wygłoszonym słowie Bożym bp Wejman wyrażając wdzięczność Bogu oraz posługującym tutaj na przestrzeni minionych lat kapłanom zaprosił do podjęcia refleksji nad fundamentem świętowania jubileuszu, ale także uwypuklił znaczenie i wartość świątyni jako miejsca świętego oraz osobistego uświęcania przez otrzymywania Bożych łask w darze sakramentów świętych. Biskup podkreślił również prawdę o tym, że jubileusz jest kolejną zachętą do zaangażowania się w budowanie wspólnoty parafialnej i własnego życia w oparciu o Chrystusa, a także uświadomił zebranym parafianom potrzebę nieustannej troski o świątynię oraz całą wspólnotę parafialną.