Roślina ta od wieków była używana do leczenia wielu chorób. W celach leczniczych wykorzystywano zarówno jej nasiona, jak i korzeń.

Szczaw koński był powszechnie używany w medycynie ludowej, szczególnie przez narody Europy Wschodniej i Azji. Dziś, odwołując się do ich doświadczenia, z powodzeniem możemy używać szczawiu końskiego do leczenia zatruć pokarmowych. Jest to lek przeciwbiegunkowy. Odtruwa i przywraca prawidłową pracę jelit. Wzmaga wydzielanie żółci i soku trzustkowego. Hamuje rozwój drożdżaków i bakterii ropnych. Neutralizuje toksyny bakteryjne. Jest pomocny w leczeniu chorób skórnych, wyprysków, zaczerwienień, łuszczycy. Medycyna ludowa z dobrym skutkiem używała wywaru z jego korzenia do leczenia chorych na czerwonkę.

Zarówno ziarenek, jak i korzenia używamy do leczenia anemii – jak przy utracie krwi. Kobylak sprawdza się także w leczeniu chorób autoimmunologicznych. Wzmacnia osoby osłabione. Powinny go stosować kobiety, aby uzupełnić braki żelaza spowodowane obfitymi miesiączkami.

Z korzenia możemy przyrządzać odwar. Należy zalać 1 łyżkę korzenia 1 szklanką wody i gotować przez 5 min, po czym odstawić wywar na 30 min. Pić przez 3 tyg. pół szklanki 2 razy dziennie.

Również z brązowych ziarenek kobylaka możemy przygotować odwar. Zalecany jest na wymioty, biegunkę, zakażenia przewodu pokarmowego, niestrawność. W tym celu zalewamy 3 łyżki ziarenek szklanką zimnej wody. Doprowadzamy do wrzenia i podgrzewamy jeszcze 2 min. Zdejmujemy z ognia i zostawiamy pod przykryciem na kwadrans. Po przecedzeniu pijemy ciepły napój małymi łykami.

Doktor Henryk Różański twierdzi, że „płukanki, lewatywy, irygacje [ze szczawiu końskiego są] skuteczne w leczeniu stanów zapalnych dziąseł i gardła, zapalenia pochwy, prącia, moszny, świądu odbytu. Lewatywy z mocnego odwaru łagodzą przykre objawy hemoroidów”.

Szczaw koński nie jest wskazany przy kamicy moczowej. Nie powinny go stosować kobiety w ciąży i karmiące piersią.