1. Cuda przekraczające naturę (praeter naturam) – to cuda zdziałane przez naturę, ale w sposób określony przez jej Stwórcę. Ich przykładem mogą być uzdrowienia.

2. Cuda dziejące się wbrew naturze (contra naturam) – mają miejsce wtedy, gdy przyroda zachowuje się inaczej niż zwykle. Taka sytuacja zachodzi w przypadku lewitacji, gdy dany człowiek unosi się wbrew prawu grawitacji. Innymi przykładami tej kategorii cudów są stąpanie po wodzie czy też to, co spotkało młodzieńców z Księgi Daniela. Zostali wrzuceni do rozgrzanego pieca, a mimo to przeżyli – choć ogień płonął, to zachowywał się inaczej niż zwykle i nie wyrządził im krzywdy.

3. Cuda przewyższające naturalny porządek rzeczy (super naturam) – tego rodzaju cuda nigdy nie mogłyby zaistnieć dzięki prawom natury. Są to cuda takie jak wskrzeszenie Łazarza czy też cud w Kanie Galilejskiej.

Obecnie stosowane są również inne kategoryzacje cudów, ale ta zaproponowana przez św. Tomasza nadal ma swoje walory poznawcze.