Parafia Miłosierdzia Bożego w Zamościu została erygowana przez biskupa zamojsko-lubaczowskiego Jana Śrutwę, który poświęcił plac pod budowę nowego kościoła 5 października 1994 r., w dniu wspomnienia bł. Siostry Marii Faustyny Kowalskiej. W końcu sierpnia 1995 r. postawiono drewnianą kapliczkę, w której wierni od 5 października zaczęli się gromadzić na nabożeństwa i Msze św. Kaplica pw. Miłosierdzia Bożego wybudowana w latach 1996-99 spełnia funkcję kościoła parafialnego. Ponadto na terenie parafii znajdują się kaplica pw. św. Rafała Archanioła w Szpitalu Wojewódzkim im. Papieża Jana Pawła II w Zamościu oraz kapliczka pw. Królowej Korony Polskiej z 1930 r., fundacji Joanny Gieleckiej.

Od 22 sierpnia 1994 r. ks. kan. Jan Andrzej Chmaj jest proboszczem parafii i budowniczym obecnego kościoła pw. Miłosierdzia Bożego w Zamościu. Parafia obejmuje os. Słoneczny Stok, ul. Hrubieszowską i Polną, Szopinek, Kalinowice, Wólkę Panieńską i Jatutów. – Młodzieży u nas nie ma za wiele, tym bardziej dzieci. Wielu młodych wyjechało. W ciągu dnia kościół jest otwarty. Wierni odnajdują tutaj siłę i moc. Przychodzą też ludzie z Szpitala Wojewódzkiego im. Jana Pawła II na modlitwę. Mamy Honorową Straż Serca Pana Jezusa, lektorów i ministrantów. Chcemy, by było to miejsce wyciszenia i spotkania z Bogiem. Tu jest oaza modlitwy i ciszy. Tu czeka na wszystkich Pan Bóg. Ludzie wychodzą stąd uspokojeni i z większą chęcią do życia. Dużo matek z dziećmi przychodzi na teren kościoła na spacery i wstępują do środka. To bp Jan Śrutwa wskazał na wezwanie Miłosierdzia Bożego. Jan Paweł II i Siostra Faustyna wybiegali do przodu. Sfera duchowa jest najważniejsza. Człowiek jest dzisiaj rozbity. Chcemy dotrzeć do poranionych małżeństw, młodzieży, do tych, którzy nie wierzą. Jesteśmy otwarci. Wychodzimy z radością i uśmiechem. Będziemy nadal rozwijać kult Miłosierdzia Bożego. W przyszłości chcemy wybudować stołówkę dla potrzebujących oraz miejsce spotkań dla młodych ludzi. Tylko współpraca z parafianami daje efekt. To oni przecierają szlak. To dzięki nim parafia się rozwija. Dziękuję radzie parafialnej i ekonomicznej. Jan Paweł II był za życia świętym. Miałem okazję go spotkać, gdy podawałem mu kropidło w 1999 r., w czasie, gdy podjechał pod szpital swego imienia i chciał go poświęcić. To jest dla nas wzór. Musimy go naśladować – mówi ks. Chmaj.

Mirosław Orzeł jest od 1994 r. przewodniczącym rady parafialnej. Jak mówi: – Z ks. proboszczem rozpoczęliśmy budowę. Pomysł był znakomity, by kościół był pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego, które rozlało się na cały świat. Zaangażowanie świeckich w budowę kościoła było wielkie. Pracowali starzy i młodzi, dzieci nosiły cegły. Mamy pięknie zagospodarowany teren wokół kościoła. Wyzwania na przyszłość są duże. Marzy nam się wybudowanie Domu Kultury Chrześcijańskiej dla młodzieży i dorosłych, bo potrzebują miejsca na spotkania. Ks. proboszcz jest świetnym duszpasterzem i jest bardzo ceniony. Udało mu się stworzyć wspólnotę i grupy modlitewne. Poczuliśmy, że mamy swój kościół i jesteśmy rodziną.

Ks. Krzysztof Ślepokura pracował jako wikariusz w tej parafii. Mówił wtedy, że specyfika parafii wynika z tytułu i wezwania Bożego Miłosierdzia: – Mamy swoich sympatyków na terenie całego miasta. Kościół jest otwarty. Ludzie przynoszą wiele próśb. Zajmuję się ministrantami i przygotowaniem młodzieży do bierzmowania. Organizujemy również spotkania katechetyczne dla kandydatów do małżeństwa. Założyliśmy punkt konsultacji psychologicznej. Prowadzimy konsultacje oraz udzielamy porad ogólnych i duchowych. Prowadzimy także katechezy dla osób w związkach niesakramentalnych.

W parafii Miłosierdzia Bożego w Zamościu działa Honorowa Straż Najświętszego Serca Pana Jezusa. Zelatorką jest Irena Litwiniec: – Jest nas 10. Dwie kolejne osoby przygotowują się do wstąpienia. Codziennie jedną godzinę ofiarujemy Panu Jezusowi. Nie chodzi tylko o modlitwę, ale o samo myślenie o Bogu. Można wykonywać różne prace, ale z myślą przy Bogu. Ta godzina zachęca, byśmy nasze życie poświęcili Sercu Pana Jezusa. W każdy czwartek mamy świętą godzinę i mamy rozpracowane cztery kwadranse, podczas których towarzyszymy Panu Jezusowi na krzyżu. Jak trwać przy Sercu i się uświęcać? Trzeba szukać różnych dróg do zbawienia. Święci wskazują nam drogę do szczęścia i pełni życia wiecznego.

Animatorką Wspólnoty Krwi Chrystusa w parafii pw. Miłosierdzia Bożego jest Irena Sztraj. – Nasza wspólnota ma swój początek na Golgocie. Wtedy, gdy Pan Jezus przelał swoją krew, która została relikwią. Założycielem wspólnoty jest św. Kasper del Bufalo. Głosił kazania na targach. Od 12. roku życia nosił sutannę. Pomagał ludziom cierpiącym. Nasze zadanie to być tam, gdzie jest cierpienie, gdzie dzieje się krzywda, gdzie są łzy, gdzie trzeba pomocy. Pomagamy alkoholikom, chodzimy do więźniów i psychicznie chorych. Raz w tygodniu spotykamy się i rozważamy Ewangelię, wsłuchujemy się w nią. Wybieramy „Słowo życia”, które jest naszym mottem na dany tydzień. To słowo urzeczywistnia się w nas. Te słowa są naszym wybawieniem. Pan Jezus jest bratem, nauczycielem i najlepszym przyjacielem. Jesteśmy wspólnotą. Adorujemy Pana Jezusa. Odmawiamy różaniec do Krwi Chrystusa.